La dinámica de trabajo del GNTB incluye la realización de reuniones plenarias mensuales, reuniones de coordinación y actividades específicas con ejes temáticos y transversales.
Al momento, el GNTB dispone de siete subgrupos de trabajo en los temas de:
Además se ha identificado la necesidad de crear nuevos subgrupos de trabajo, tales como de Áreas Protegidas, Agrobiodiversidad, y CITES.
Además, se considera la conformación de mesas de trabajo sobre temas específicos, tales como Biodiversidad Forestal y Uso Sustentable de Bosques.